Convert missing taxonomic names to NA

refdb_clean_tax_NA(x, cols = NULL, hybrid = TRUE, uncertain = FALSE)

Arguments

x

a reference database.

cols

an optional vector of column names. If NULL (default), the function is applied to the columns associated with the taxonomy and organism fields.

hybrid

hybrids are converted to NA (default TRUE).

uncertain

taxa with qualifiers of uncertainty (cf., aff., etc.) are converted to NA (default FALSE).

Value

A reference database.

Examples

lib <- read.csv(system.file("extdata", "baetidae_bold.csv", package = "refdb"))
lib <- refdb_set_fields_BOLD(lib)
refdb_clean_tax_NA(lib)
#>    source sequenceID markercode phylum_name class_name    order_name
#> 1    BOLD    7208675     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 2    BOLD    7208674     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 3    BOLD   11680869     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 4    BOLD   11680870     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 5    BOLD   11680871     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 6    BOLD   11680872     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 7    BOLD   11680873     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 8    BOLD   11680874     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 9    BOLD    9698877     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 10   BOLD    9698882     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 11   BOLD    9698874     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 12   BOLD    9698867     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 13   BOLD    9698881     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 14   BOLD    9698879     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 15   BOLD    9698876     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 16   BOLD    9698878     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 17   BOLD    9698868     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 18   BOLD    9698869     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 19   BOLD    9698870     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 20   BOLD    9698866     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 21   BOLD    9698873     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 22   BOLD    9698880     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 23   BOLD    9698871     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 24   BOLD    9698884     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 25   BOLD    9698872     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 26   BOLD    9698875     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 27   BOLD    9698883     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 28   BOLD    9698885     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 29   BOLD    9698887     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#> 30   BOLD    9698886     COI-5P  Arthropoda    Insecta Ephemeroptera
#>    family_name subfamily_name genus_name     species_name subspecies_name
#> 1     Baetidae       Baetinae     Cloeon  Cloeon dipterum              NA
#> 2     Baetidae       Baetinae     Cloeon  Cloeon dipterum              NA
#> 3     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 4     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 5     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 6     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 7     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 8     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 9     Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 10    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 11    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 12    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 13    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 14    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 15    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 16    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 17    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 18    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 19    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 20    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 21    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 22    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 23    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 24    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 25    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 26    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 27    Baetidae       Baetinae     Baetis   Baetis alpinus              NA
#> 28    Baetidae       Baetinae     Baetis Baetis melanonyx              NA
#> 29    Baetidae       Baetinae     Baetis Baetis melanonyx              NA
#> 30    Baetidae       Baetinae     Baetis Baetis melanonyx              NA
#>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           nucleotides
#> 1                                                 TACTTTATACTTCATTTTTGGTGCATGAGCTGGAATAGTGGGCACTTCTTTGAGTTTATTAATTCGTGCAGAGCTAGGTAATCCTGGTTCTTTAATTGGTGATGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCCCATGCTTTTATTATAATTTTCTTTATAGTTATACCAATTATGATTGGTGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTCTTATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGTATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCTTCATTGACTTTATTAGTATCAAGTAGTTTAGTAGATATAGGAGCTGGTACGGGTTGAACTGTATATCCTCCTTTAGCGGCTAATATTGCTCATGGAGGGTCATCAGTTGATTACGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACAGTAATTAACATGCGTAGCCCTGGTATAACTTTAGATCGTATTCCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCTGTGTTATTGCTTTTATCGCTACCTGTATTAGCCGGTGCTATTACTATACTTTTAACCGATCGTAATCTTAATACTTCTTTTT
#> 2     TACTTTATACTTCATTTTTGGTGCATGAGCTGGTATAGTGGGCACTTCATTGAGTTTATTAATTCGTGCGGAACTAGGGAATCCTGGATCTTTAATTGGTGATGATCAAATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCACGCTTTTATTATAATTTTCTTTATGGTTATACCAATCATGATTGGAGGTTTTGGTAATTGATTAGTACCTCTTATATTAGGAGCACCTGATATGGCCTTCCCTCGTATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTACCTCCTTCATTAACTTTATTAGTATCAAGTAGTTTAGTTGATATGGGAGCCGGTACAGGCTGAACAGTTTATCCTCCTTTAGCTGCAAATATTGCTCATGGAGGGTCATCCGTTGATTATGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACAGTAATTAATATGCGTAGTCCGGGTATAACTTTAGATCGAATTCCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCTGTTTTATTATTATTATCACTACCTGTGTTAGCTGGTGCTATTACTATACTTTTAACTGATCGTAATCTTAATACTTCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGGGGTGATCCTATTTTATACCAACATTTA
#> 3                                               TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTTTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 4                                               TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 5                                               TGGTGGGGACCTCCCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCGCTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 6                                               TGGTGGGGACCTCCCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATCATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTATATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCGCTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 7                                               TGGTGGGGACCTCCCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCGCTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 8                                               TGGTGGGGACATCGCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGTAACCCTGGGTCCTTAATTGGTGACGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGGGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCCCTTATATTAGGGGCCCCCGACATAGCATTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCTCCTTCCCTTACACTACTTGTGTCGAGCAGTGTGGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGGGCTTCAGTGGATTTCGCAATTTTTTCGTTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGTAGCCCAGGAATGACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGATCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTGTTATTGCTTTCTCTCCCGGTTCTCGCGGGGGCGATTACTATGCTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGACCCAGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 9                                               TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATCTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 10                                              TGGTGGGGACCTCCCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCACTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 11                                              TGATCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGATGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 12                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 13                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGATGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGCATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 14                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGTGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 15                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATACGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 16                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGGCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 17                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTCGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTATACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 18                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCATTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 19                                              TGGTCGGCACTTCACTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTTATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGCAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCCTTAGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGGAGTCCAGGAATAACGTTAGACCGCATACCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTCTCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACCATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGTGACCCAATCCTATACCA
#> 20                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATTACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTCCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 21                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGTTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 22                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCCCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 23                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 24                                              TGGTGGGGACATCGCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGTAACCCTGGGTCCTTAATTGGTGACGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGGGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCACTTATATTAGGGGCCCCCGACATAGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCTCCTTCCCTTACACTACTTGTGTCGAGCAGTGTGGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGGGCTTCAGTGGATTTCGCAATTTTTTCGTTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGTAGCCCAGGAATGACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTGTTATTGCTTTCTCTCCCGGTTCTCGCGGGGGCGATTACCATGCTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGACCCAGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 25                                              TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
#> 26                                              TGGTCGGCACTTCACTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTTATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGCAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGGAGTCCAGGAATAACGTTAGACCGCATACCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTCTCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACCATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGTGACCCAATCCTATACCA
#> 27                                              TGGTGGGGACATCGCTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGTAACCCTGGGTCCTTAATTGGTGACGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGGGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCACTTATATTAGGGGCCCCCGACATAGCATTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCTCCTTCCCTTACACTACTTGTGTCGAGCAGTGTGGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGGGCTTCAGTGGATTTCGCAATTTTTTCGTTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGTAGCCCAGGAATGACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTGTTATTGCTTTCTCTCCCGGTTCTCGCGGGGGCGATTACCATGCTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGACCCAGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTATACCA
#> 28                                              TGGTGGGGACTTCACTGAGCCTGCTAATTCGAGCCGAACTTGGAAACCCGGGTTCTTTAATTGGGGATGACCAGATTTACAACGTGATTGTTACTGCCCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAATTGGTTAGTGCCTTTAATACTAGGGGCCCCAGACATGGCCTTTCCTCGTATAAACAATATAAGTTTTTGGTTGTTGCCGCCTTCGTTAACCTTGCTTGTGTCAAGTAGAATTGTAGATGTTGGTGCGGGAACGGGATGGACGGTGTACCCACCGCTTTCAGCCAATATCGCTCATGGTGGGGCATCTGTCGATTTTGCTATTTTTTCTCTACATTTGGCAGGGGTGTCTTCTATCTTAGGGGCTGTAAATTTTATTACAACTGTTGTTAACATGCGTAGCCCTGGAATGACTCTGGACCGAATACCCCTGTTTGTATGGTCTGTAGTAATTACCGCTGTTCTCTTACTCTTGTCGCTGCCGGTGCTGGCAGGAGCTATTACTATGTTACTAACGGATCGTAATTTGAATACCTCGTTTTTTGACCCTGCAGGTGGGGGTGATCCTATTTTGTACCA
#> 29 TACCCTTTATTTTATTTTTGGTGCGTGGTCGGGTATGGTGGGGACTTCACTGAGCCTGCTAATTCGAGCCGAACTTGGAAACCCGGGTTCTTTAATTGGGGATGACCAGATTTACAACGTGATTGTTACTGCCCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAATTGGTTAGTGCCTTTAATACTAGGGGCCCCAGACATGGCCTTTCCTCGTATAAACAATATAAGTTTTTGGTTGTTGCCGCCTTCGTTAACCTTGCTTGTGTCAAGTAGAATTGTAGATGTTGGTGCGGGAACGGGATGGACGGTGTACCCACCGCTTTCAGCCAATATCGCTCATGGTGGGGCATCTGTCGATTTTGCTATTTTTTCTCTACATTTGGCAGGGGTGTCTTCTATCTTAGGGGCTGTAAATTTTATTACAACTGTTGTTAACATGCGTAGCCCTGGAATGACTCTGGACCGAATACCCCTGTTTGTATGGTCTGTAGTAATTACCGCTGTTCTCTTACTCCTGTCGCTGCCGGTGCTGGCAGGAGCTATTACTATGTTACTAACGGATCGTAATTTGAATACCTCGTTTTTTGACCCTGCAGGTGGGGGTGATCCTATTTTGTACCAACATTTATTT
#> 30                                              TGGTGGGGACTTCACTGAGCCTGCTAATTCGAGCCGAACTTGGAAACCCGGGTTCTTTAATTGGGGATGACCAGATTTACAACGTGATTGTTACTGCCCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGAGGGTTTGGCAATTGGTTAGTGCCTTTAATACTAGGGGCCCCAGACATGGCCTTTCCTCGTATAAACAATATAAGTTTTTGGTTGTTGCCGCCTTCGTTAACCTTGCTTGTGTCAAGTAGAATTGTAGATGTTGGTGCGGGAACGGGATGGACGGTGTACCCACCGCTTTCAGCCAATATCGCTCATGGTGGGGCATCTGTCGATTTTGCTATTTTTTCTCTACATTTGGCAGGGGTGTCTTCTATCTTAGGGGCTGTAAATTTTATTACAACTGTTGTTAACATGCGTAGCCCTGGAATGACTCTGGACCGAATACCCCTGTTTGTATGGTCTGTAGTAATTACCGCTGTTCTCTTACTCCTGTCGCTGCCGGTGTTGGCAGGAGCTATTACTATGTTACTAACGGATCGTAATTTGAATACCTCGTTTTTTGACCCTGCAGGTGGGGGTGATCCTATTTTGTACCA
#>        country province_state     lat     lon
#> 1  Switzerland         Zurich 47.6129 8.67639
#> 2  Switzerland         Zurich 47.6129 8.67639
#> 3  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 4  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 5  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 6  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 7  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 8  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 9  Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 10 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 11 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 12 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 13 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 14 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 15 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 16 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 17 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 18 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 19 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 20 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 21 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 22 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 23 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 24 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 25 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 26 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 27 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 28 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 29 Switzerland           <NA>      NA      NA
#> 30 Switzerland           <NA>      NA      NA