Convert missing taxonomic names to NA
refdb_clean_tax_NA(x, cols = NULL, hybrid = TRUE, uncertain = FALSE)a reference database.
an optional vector of column names.
If NULL (default), the function is applied to the columns
associated with the taxonomy and organism fields.
hybrids are converted to NA (default TRUE).
taxa with qualifiers of uncertainty (cf., aff., etc.)
are converted to NA (default FALSE).
A reference database.
lib <- read.csv(system.file("extdata", "baetidae_bold.csv", package = "refdb"))
lib <- refdb_set_fields_BOLD(lib)
refdb_clean_tax_NA(lib)
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#> 13 BOLD 9698881 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
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#> 18 BOLD 9698869 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
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#> 21 BOLD 9698873 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
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#> 23 BOLD 9698871 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
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#> 29 BOLD 9698887 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 30 BOLD 9698886 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> family_name subfamily_name genus_name species_name subspecies_name
#> 1 Baetidae Baetinae Cloeon Cloeon dipterum NA
#> 2 Baetidae Baetinae Cloeon Cloeon dipterum NA
#> 3 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
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#> 13 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 14 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 15 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 16 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 17 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
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#> 19 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 20 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 21 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
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#> 23 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
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#> 27 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 28 Baetidae Baetinae Baetis Baetis melanonyx NA
#> 29 Baetidae Baetinae Baetis Baetis melanonyx NA
#> 30 Baetidae Baetinae Baetis Baetis melanonyx NA
#> nucleotides
#> 1 TACTTTATACTTCATTTTTGGTGCATGAGCTGGAATAGTGGGCACTTCTTTGAGTTTATTAATTCGTGCAGAGCTAGGTAATCCTGGTTCTTTAATTGGTGATGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCCCATGCTTTTATTATAATTTTCTTTATAGTTATACCAATTATGATTGGTGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTCTTATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGTATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCTTCATTGACTTTATTAGTATCAAGTAGTTTAGTAGATATAGGAGCTGGTACGGGTTGAACTGTATATCCTCCTTTAGCGGCTAATATTGCTCATGGAGGGTCATCAGTTGATTACGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACAGTAATTAACATGCGTAGCCCTGGTATAACTTTAGATCGTATTCCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCTGTGTTATTGCTTTTATCGCTACCTGTATTAGCCGGTGCTATTACTATACTTTTAACCGATCGTAATCTTAATACTTCTTTTT
#> 2 TACTTTATACTTCATTTTTGGTGCATGAGCTGGTATAGTGGGCACTTCATTGAGTTTATTAATTCGTGCGGAACTAGGGAATCCTGGATCTTTAATTGGTGATGATCAAATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCACGCTTTTATTATAATTTTCTTTATGGTTATACCAATCATGATTGGAGGTTTTGGTAATTGATTAGTACCTCTTATATTAGGAGCACCTGATATGGCCTTCCCTCGTATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTACCTCCTTCATTAACTTTATTAGTATCAAGTAGTTTAGTTGATATGGGAGCCGGTACAGGCTGAACAGTTTATCCTCCTTTAGCTGCAAATATTGCTCATGGAGGGTCATCCGTTGATTATGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACAGTAATTAATATGCGTAGTCCGGGTATAACTTTAGATCGAATTCCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCTGTTTTATTATTATTATCACTACCTGTGTTAGCTGGTGCTATTACTATACTTTTAACTGATCGTAATCTTAATACTTCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGGGGTGATCCTATTTTATACCAACATTTA
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#> 14 TGGTCGGCACTTCACTTAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGTGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGCGACCCAATCTTATACCA
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#> 19 TGGTCGGCACTTCACTCAGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTTATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGCAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCCTTAGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGGAGTCCAGGAATAACGTTAGACCGCATACCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTCTCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACCATACTTTTAACGGATCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCGGCGGGGGGTGGTGACCCAATCCTATACCA
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