R/refdb_clean.R
refdb_clean_seq_crop_primers.RdCrop genetic sequences with a set of primers
refdb_clean_seq_crop_primers(
x,
primer_forward,
primer_reverse,
max_error_in = 0.1,
max_error_out = 0.1,
include_primers = TRUE
)a reference database with a defined sequence field.
primer forward.
primer reverse.
maximum error for a match (frequency based on primer length).
a logical indicating whether the detected primers are included in the cropped sequences.
A reference database.
lib <- read.csv(system.file("extdata", "baetidae_bold.csv", package = "refdb"))
lib <- refdb_set_fields_BOLD(lib)
refdb_clean_seq_crop_primers(lib, "AGT", "TTTA")
#> source sequenceID markercode phylum_name class_name order_name
#> 1 BOLD 7208675 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 2 BOLD 7208674 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 3 BOLD 11680869 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 4 BOLD 11680870 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 5 BOLD 11680871 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 6 BOLD 11680872 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 7 BOLD 11680873 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 8 BOLD 11680874 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 9 BOLD 9698877 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 10 BOLD 9698882 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 11 BOLD 9698874 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 12 BOLD 9698867 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 13 BOLD 9698881 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 14 BOLD 9698879 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 15 BOLD 9698876 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 16 BOLD 9698878 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 17 BOLD 9698868 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 18 BOLD 9698869 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 19 BOLD 9698870 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 20 BOLD 9698866 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 21 BOLD 9698873 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 22 BOLD 9698880 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 23 BOLD 9698871 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 24 BOLD 9698884 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 25 BOLD 9698872 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 26 BOLD 9698875 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 27 BOLD 9698883 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 28 BOLD 9698885 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 29 BOLD 9698887 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> 30 BOLD 9698886 COI-5P Arthropoda Insecta Ephemeroptera
#> family_name subfamily_name genus_name species_name subspecies_name
#> 1 Baetidae Baetinae Cloeon Cloeon dipterum NA
#> 2 Baetidae Baetinae Cloeon Cloeon dipterum NA
#> 3 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 4 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 5 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 6 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 7 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 8 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 9 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 10 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 11 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 12 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 13 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 14 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 15 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 16 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 17 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 18 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 19 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 20 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 21 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 22 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 23 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 24 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 25 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 26 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 27 Baetidae Baetinae Baetis Baetis alpinus NA
#> 28 Baetidae Baetinae Baetis Baetis melanonyx NA
#> 29 Baetidae Baetinae Baetis Baetis melanonyx NA
#> 30 Baetidae Baetinae Baetis Baetis melanonyx NA
#> nucleotides
#> 1 AGTGGGCACTTCTTTGAGTTTATTAATTCGTGCAGAGCTAGGTAATCCTGGTTCTTTAATTGGTGATGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCCCATGCTTTTATTATAATTTTCTTTATAGTTATACCAATTATGATTGGTGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTCTTATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGTATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCTTCATTGACTTTATTAGTATCAAGTAGTTTAGTAGATATAGGAGCTGGTACGGGTTGAACTGTATATCCTCCTTTAGCGGCTAATATTGCTCATGGAGGGTCATCAGTTGATTACGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACAGTAATTAACATGCGTAGCCCTGGTATAACTTTAGATCGTATTCCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCTGTGTTATTGCTTTTATCGCTACCTGTATTAGCCGGTGCTATTACTATACTTTTA
#> 2 AGTGGGCACTTCATTGAGTTTATTAATTCGTGCGGAACTAGGGAATCCTGGATCTTTAATTGGTGATGATCAAATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCACGCTTTTATTATAATTTTCTTTATGGTTATACCAATCATGATTGGAGGTTTTGGTAATTGATTAGTACCTCTTATATTAGGAGCACCTGATATGGCCTTCCCTCGTATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTACCTCCTTCATTAACTTTATTAGTATCAAGTAGTTTAGTTGATATGGGAGCCGGTACAGGCTGAACAGTTTATCCTCCTTTAGCTGCAAATATTGCTCATGGAGGGTCATCCGTTGATTATGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACAGTAATTAATATGCGTAGTCCGGGTATAACTTTAGATCGAATTCCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCTGTTTTATTATTATTATCACTACCTGTGTTAGCTGGTGCTATTACTATACTTTTAACTGATCGTAATCTTAATACTTCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGGGGTGATCCTATTTTATACCAACATTTA
#> 3 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTTTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 4 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 5 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCGCTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 6 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATCATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTATATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCGCTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 7 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCGCTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 8 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGTAACCCTGGGTCCTTAATTGGTGACGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGGGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCCCTTATATTAGGGGCCCCCGACATAGCATTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCTCCTTCCCTTACACTACTTGTGTCGAGCAGTGTGGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGGGCTTCAGTGGATTTCGCAATTTTTTCGTTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGTAGCCCAGGAATGACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGATCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTGTTATTGCTTTCTCTCCCGGTTCTCGCGGGGGCGATTACTATGCTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGACCCAGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 9 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATCTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 10 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGCAATCCTGGGTCTCTAATTGGTGACGACCAAATTTACAACGTTATTGTCACTGCTCATGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGCGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCGCTCATGTTAGGAGCCCCAGATATGGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCCCCTTCGCTCACACTGCTTGTATCAAGCAGTGTTGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGTGCTTCTGTGGATTTCGCAATTTTTTCACTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGCGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGCAGCCCAGGAATAACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATTACTGCGGTTTTATTACTACTTTCTCTACCGGTTCTTGCCGGGGCAATTACTATACTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 11 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGATGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCCCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 12 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 13 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGATGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGCATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 14 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGTGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 15 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATACGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 16 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCACCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGGCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTATGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCCCTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 17 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTCGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTATACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 18 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCATTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 19 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTTATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGCAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCCTTAGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGGAGTCCAGGAATAACGTTAGACCGCATACCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTCTCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACCATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 20 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATTACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTCCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 21 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGTTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 22 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCCCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 23 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 24 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGTAACCCTGGGTCCTTAATTGGTGACGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGGGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCACTTATATTAGGGGCCCCCGACATAGCATTCCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCTCCTTCCCTTACACTACTTGTGTCGAGCAGTGTGGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGGGCTTCAGTGGATTTCGCAATTTTTTCGTTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGTAGCCCAGGAATGACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTGTTATTGCTTTCTCTCCCGGTTCTCGCGGGGGCGATTACCATGCTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGACCCAGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 25 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAGATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTCATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGTAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACGGTGTACCCTCCTTTAGCTGCGAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGTAGTCCAGGAATAACATTAGACCGTATGCCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTATCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACTATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 26 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGGAACCCTGGTTCATTAATTGGCGACGACCAAATTTATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTGGTGCCGCTTATGTTGGGTGCGCCTGATATGGCGTTTCCACGTATAAATAATATGAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCGCTGACCTTGTTGGTGTCGAGCAGAGTAGTAGATGTGGGGGCTGGCACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCTGCCAACATCGCGCATGGGGGCGCCTCAGTGGATTTTGCGATTTTTTCATTACATTTAGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATCACTACTGTAGTTAACATGCGGAGTCCAGGAATAACGTTAGACCGCATACCACTATTTGTCTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTATTATTGCTCTCACTCCCTGTTCTAGCGGGGGCAATCACCATACTTTTAACGGATCGTAATTTA
#> 27 AGTCTTTTAATTCGAGCCGAGCTTGGTAACCCTGGGTCCTTAATTGGTGACGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTGATACCAATTATAATCGGGGGGTTTGGTAATTGGCTTGTTCCACTTATATTAGGGGCCCCCGACATAGCATTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGGTTGTTACCTCCTTCCCTTACACTACTTGTGTCGAGCAGTGTGGTTGATGTAGGGGCGGGCACTGGGTGGACCGTGTATCCCCCCTTGGCTGCCAACATCGCACATGGGGGGGCTTCAGTGGATTTCGCAATTTTTTCGTTACACCTGGCGGGGGTGTCTTCAATTTTGGGTGCTGTAAACTTCATTACAACTGTAATTAATATGCGTAGCCCAGGAATGACGTTGGATCGCATACCGCTATTCGTTTGGTCTGTTGTAATCACTGCGGTTTTGTTATTGCTTTCTCTCCCGGTTCTCGCGGGGGCGATTACCATGCTGCTAACTGACCGTAATTTAAATACTTCATTTTTTGACCCAGCGGGGGGAGGAGACCCAATTTTA
#> 28 AGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAATTGGTTAGTGCCTTTAATACTAGGGGCCCCAGACATGGCCTTTCCTCGTATAAACAATATAAGTTTTTGGTTGTTGCCGCCTTCGTTAACCTTGCTTGTGTCAAGTAGAATTGTAGATGTTGGTGCGGGAACGGGATGGACGGTGTACCCACCGCTTTCAGCCAATATCGCTCATGGTGGGGCATCTGTCGATTTTGCTATTTTTTCTCTACATTTGGCAGGGGTGTCTTCTATCTTAGGGGCTGTAAATTTTA
#> 29 AGTGATACCAATTATAATTGGTGGGTTTGGCAATTGGTTAGTGCCTTTAATACTAGGGGCCCCAGACATGGCCTTTCCTCGTATAAACAATATAAGTTTTTGGTTGTTGCCGCCTTCGTTAACCTTGCTTGTGTCAAGTAGAATTGTAGATGTTGGTGCGGGAACGGGATGGACGGTGTACCCACCGCTTTCAGCCAATATCGCTCATGGTGGGGCATCTGTCGATTTTGCTATTTTTTCTCTACATTTGGCAGGGGTGTCTTCTATCTTAGGGGCTGTAAATTTTATTACAACTGTTGTTAACATGCGTAGCCCTGGAATGACTCTGGACCGAATACCCCTGTTTGTATGGTCTGTAGTAATTACCGCTGTTCTCTTACTCCTGTCGCTGCCGGTGCTGGCAGGAGCTATTACTATGTTACTAACGGATCGTAATTTGAATACCTCGTTTTTTGACCCTGCAGGTGGGGGTGATCCTATTTTGTACCAACATTTA
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