Compute proportions for characters
seq_stat_prop(x, gaps = FALSE)a DNA, RNA or AA vector.
if FALSE gaps are ignored.
A list of vectors indicating the proportion of characters in each sequence.
Other op-misc:
seq_disambiguate_IUPAC(),
seq_nchar(),
seq_nseq(),
seq_spellout(),
seq_stat_gc()
x <- dna(c("ATGCAGA", "GGR-----","TTGCCTAGKTGAACC"))
seq_stat_prop(x)
#> [[1]]
#> A C G T W S M K
#> 0.4285714 0.1428571 0.2857143 0.1428571 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#> R Y B D H V N
#> 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#>
#> [[2]]
#> A C G T W S M K
#> 0.0000000 0.0000000 0.6666667 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#> R Y B D H V N
#> 0.3333333 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#>
#> [[3]]
#> A C G T W S M
#> 0.20000000 0.26666667 0.20000000 0.26666667 0.00000000 0.00000000 0.00000000
#> K R Y B D H V
#> 0.06666667 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
#> N
#> 0.00000000
#>
seq_stat_prop(x, gaps = TRUE)
#> [[1]]
#> A C G T W S M K
#> 0.4285714 0.1428571 0.2857143 0.1428571 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#> R Y B D H V N -
#> 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#>
#> [[2]]
#> A C G T W S M K R Y B D H
#> 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.125 0.000 0.000 0.000 0.000
#> V N -
#> 0.000 0.000 0.625
#>
#> [[3]]
#> A C G T W S M
#> 0.20000000 0.26666667 0.20000000 0.26666667 0.00000000 0.00000000 0.00000000
#> K R Y B D H V
#> 0.06666667 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
#> N -
#> 0.00000000 0.00000000
#>